Nació en Puerto Cabello el 19 de julio de 1800, y casi niño se incorporó
a las filas de Bolívar, hallándose en los dos sitios de Valencia en 1814, donde
fue prisionero de los realistas. Siguió con éstos y derrotados que fueron el 31 de
octubre de 1815 en Chire de la Nueva Granada, volvió a las filas patriotas.
A las órdenes de Páez o de sus tenientes, hizo las campañas de
los años 1816-18 y estuvo en numerosos combates, de los
cuales citaremos los de Mata de la Miel, El Mantecal, Achaguas, El Yagual, Araure, Trapiche de La Gamarra, obteniendo
sucesivos ascensos hasta el grado de Capitán. Estuvo en la campaña de 1819, libertadora
de la Nueva Granada.
En 1820, con el merideño Antonio Rangel, rodeó el torrentoso
Chama y remontó el páramo de Mucuchíes, donde obtuvo el título de Teniente Coronel.
A comienzos de 1821 hizo la campaña de Coro y se halló el 24 de junio en la
batalla de Carabobo. A las órdenes del Coronel Antonio Rangel, estuvo después
en el sitio de Puerto Cabello como Teniente Coronel efectivo .
Al año siguiente, 1822, se le nombró Jefe de Estado Mayor de la
Guardia; bajó al sur de Colombia, y el 7 de abril se halló con Bolívar en la
sangrienta batalla de Bomboná. A poco fue ascendido al grado de Coronel. En
1823 fue Gobernador Civil y militar de Pasto y batió y
rindió a los pastusos, organizó la parte
militar del Departamento y obtuvo el ascenso a General de Brigada.
En 1827 sometió a la tercera división auxiliar del Perú y ocupó
Guayaquil. Hizo retroceder a la Escuadra peruana que invadía el Ecuador. En
1829, siendo lugarteniente de Sucre, venció a los peruanos en el Portete de
Tarqui, negoció el tratado de Jirón, y como éste no fuese acatado por Lamar y
los suyos, Flores los venció nuevamente en Samborondón y ocupó la plaza de
Guayaquil. El Libertador le nombró Prefecto General y Comandante Militar del Departamento
del Sur, y le ascendió a General de División.
Disuelta la unión colombiana en 1830, Flores se puso al frente de
los Departamentos ecuatorianos. Una Asamblea Constituyente reunida en Riobamba proclamó
la República del Ecuador y eligió a Flores su primer Presidente, cargo que
ostentó hasta 1835, durante cuyo desempeño tuvo que someter
insurrecciones, debelar pronunciamientos y luchar duramente a efecto de imponer
el orden y la paz interiores.
Por tales méritos, el Congreso Nacional, en 1835, le declaró «Fundador
de la República» y primer ciudadano del Ecuador, y le nombró General en Jefe
con todas las prerrogativas que le concedían las antiguas leyes colombianas. En 1836,
el Gobierno le autorizó para reducir varias insurrecciones, encargo que cumplió
satisfactoriamente. En 1837 fue nombrado Senador, concurrió a las sesiones y
presidió la Cámara. En 1838 volvió al Ejército en defensa del Gobierno legítimo
amenazado por los revolucionarios. Restablecido el orden, volvió a la vida
privada.
En 1839 fue elegido por segunda vez Presidente de la República.
Desde este cargo trabajó por la concordia nacional y por el fomento de la
instrucción pública. En 1840 y 1841 auxilió a la Nueva Granada en el sometimiento
de los pastusos, que se habían insurreccionado. Y en 1842 organizó el régimen interior
de las provincias.
En 1843 se reunió un Congreso Constituyente que le eligió por tercera
vez Presidente de la República. Una revolución estalló contra su gobierno en 1845
y aunque fue dominada, Flores consideró prudente abandonar el mando. Hubiera podido
apelar a la dictadura, pero antes de esclavizar a su país, prefirió el
destierro voluntario para dejar a la República en libertad de constituirse como
mejor conviniera a sus intereses.
Volvió a Venezuela por 1857, llegando a La Guaira el 28 de marzo
tras nueve años de ausencia. Su primer acto después de su arribo fue dirigir un
respetuoso saludo al Presidente General Monagas. Este correspondió cortésmente enviando
al Gobernador de la provincia para que le condujese hasta Caracas. Ya en la
capital, fue visitado por los Ministros y altos funcionarios, por sus compañeros
de campañas y de glorias, y por numerosos integrantes de los gremios sociales y
políticos. Recibió entonces grandes homenajes, entre ellos el reconocimiento
de su grado de General Jefe, acuerdo de pensión e invitación por parte de los conservadores
para intervenir en la política del país.
Comprendió Flores que era grave la situación política de
Venezuela y que el Gobierno de Monagas tocaba a su fin, por lo que resolvió
volver al exterior. Regresó al Ecuador en 1863, año en que sostuvo la dictadura
de García Moreno y libró varias batallas en defensa suya. Puede decirse que
murió en el campo de honor, pues acababa de debelar una nueva insurrección, cuando
falleció, a consecuencia de una enfermedad que desde hacía tiempo le aquejaba,
el 1º de octubre de 1864, en el golfo de Jambeli.